A comienzos de la década de 1920, la ciudad de San Fernando se distinguía en el norte bonaerense por su notable desarrollo económico y su elevada calidad de vida. No obstante, la oferta deportiva local resultaba limitada, reducida a la actividad de tres entidades: el Club Atlético San Fernando, el Club Social Unión y el Fénix Club Gimnasia y Esgrima, que protagonizaban una intensa vida social y competitiva.
A pesar de las condiciones geográficas privilegiadas para la práctica de deportes náuticos, los entusiastas locales debían afiliarse a clubes de la vecina localidad de Tigre, ante la ausencia de una institución propia en San Fernando. Aun así, numerosos jóvenes sanfernandinos integraban tripulaciones que competían en regatas de nivel internacional, representando a clubes como el Buenos Aires Rowing Club, el Club Argentino y el Club Canottieri Italiani.
El Club Atlético San Fernando, fundado el 25 de noviembre de 1905, mantenía una activa participación en los torneos organizados por la Asociación Argentina de Fútbol, con cinco equipos compitiendo simultáneamente. Sin embargo, pocos años después de su creación, perdió su campo de juego original al ser reclamado por su propietario. En ese contexto, el señor Genaro Magaldi cedió al club un predio que le había sido adjudicado por la municipalidad en compensación por una deuda. Dicho terreno es hoy ocupado por la cancha número uno del actual Club San Fernando.
En 1919, Atlético logró el ascenso a la división intermedia, y en 1921, en el marco de la división del fútbol nacional entre la Asociación Amateur y la Asociación Argentina, accedió a la primera división. Este avance demandaba la adecuación de las instalaciones conforme a los requisitos reglamentarios: tribunas, cercos perimetrales y demás condiciones necesarias para su habilitación.
Frente a este escenario, surgió la iniciativa de fusionarse con el Club Social Unión, con el objetivo de dotar a la comunidad de una infraestructura deportiva acorde a sus necesidades y aspiraciones, y de constituir una entidad representativa del espíritu sanfernandino, especialmente en el ámbito náutico.
Ambas instituciones comprendieron que la fusión representaba una oportunidad estratégica para conformar el gran club que la ciudad requería.
Así, el 3 de marzo de 1923, en una asamblea extraordinaria, setenta y dos socios de los clubes Social Unión y Atlético San Fernando firmaron el acta fundacional que dio origen al Club San Fernando, institución que desde entonces ha sido protagonista del desarrollo deportivo, social y cultural de la región.